Nacionalnu koordinaciju Bošnjaka u Republici Hrvatskoj čine tijela: Skupština, Predsjedništvo, Nadzorni odbor; predsjednik, zamjenici predsjednika, potpredsjednici te generalni tajnik.
Također, važno je spomenuti Nacionalnu Konvenciju. Konvencija, kao savjetodavno tijelo, sastoji se od 100 delegata koji se biraju u skladu s brojem Bošnjaka u svakoj županiji. Time se osigurava pravedna i uravnotežena reprezentacija svih regija. Konvencija se održava jednom godišnje, u decembru/prosincu, kako bi razmotrila najvažnija pitanja i smjernice za rad Nacionalne koordinacije u nadolazećem razdoblju.